砂糖は肥満・糖尿病の原因になる食品として問題視されることもある。ただし、油脂にも共通する問題であるが、これらは実際のところ口当たりが良く、大量に食べても味覚が飽和するだけで「（食塩のように）味がきつくて食べられなくなる」ということがないため、ついつい一度に摂取しすぎるのである。どのような食品でも過剰に摂取すれば害になり、適切な摂取が健康を維持することにつながる。
WHO/FAOは、レポート『慢性疾患を予防する食事・栄養素』(Diet, Nutrition and the Prevention of Chronic Diseases WHO/FAO 2002年)において慢性疾患と高カロリー食の関連を指摘し、将来食事中の総熱量（総カロリー）に占める糖類の熱量を10%以下にすることを推奨している 。なお、日本人の食事摂取基準（2005年版）推定エネルギー必要量の10%を糖類をすべて砂糖に換算した場合、成人で約50—70g程度の量（3gスティックシュガーで17—23本分）に相当する。
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一方アメリカの消費者団体CSPIは、「消費者は、糖分を多く含む食品の摂取を控えなければならない。企業は、食品や飲料に加える糖分を減らす努力をしなければならない」と主張し、FDA（米国）へソフトドリンクの容器に健康に関する注意書きを表示し、加工食品と飲料によりよい栄養表示を義務付けるよう請求している。アメリカでは肥満対策のため、公立学校で砂糖を多く含んだ飲料を販売しないように合意されている。アメリカでは、マクドナルドやペプシコなど11の大企業が、12歳以下の子どもに砂糖を多く含む食品など栄養価に乏しい食品の広告をやめることで合意している。イギリスでは2007年4月1日より砂糖を多く含む子供向け食品のコマーシャルが規制されている。
う蝕（虫歯）と砂糖との関係はよく知られているが他にも砂糖と疾病との関係が指摘されている。